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全球副溶血弧菌环境菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型

阅读:
2017-06-07 来源:食品科学网
责任编辑:食品科学
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  作者:徐嘉良,杜小莉,卢 昕

  关键词:副溶血弧菌;基于碱基序列的多位点序列分型;基于肽链的多位点序列分型;克隆复合体

  内容:为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群分析和克隆复合体分析,并分别构建了基于ST型和pST型的最小生成树。结果表明,从数据库中共筛选到具有ST型及pST型的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据886 条,共含有663 个ST型,以ST3型为最多,但也仅含27 条菌株信息。其中,有436 条菌株数据来自中国(包括大陆、香港和台湾),覆盖了410 个ST型,每个ST型含1~4 条菌株数据,这436 条菌株数据又可分为128 个pST型,其中pST1型为最多,达116 条菌株数据。利用eBURST软件对数据进行分析,共发现了73 个组,483 个单体。STRUCTURE软件分析显示来自全球的副溶血弧菌环境菌株的适宜亚群数为4,各亚群内的样品平均距离为0.981 7。综上结果表明,来自全球的副溶血弧菌环境菌株具有高度多态性,可更细分为4 个亚群,MLST分型时以ST3型为多,AA-MLST分型时以pST1型为主。

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