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嗜热链球菌中CRISPR序列的检测与同源性分析
来源:食品科学网 阅读量: 111 发表时间: 2017-06-07
作者: 邓凯波,霍贵成
关键词: 同源性
摘要:

CRISPR为近年发现的一种广泛存在于原核生物中的获得性免疫系统。为探明内蒙古的8株嗜热链球菌的CRISPR,用PCR方法扩增了其CRISPR序列,并采用生物信息学方法分析和预测了重复序列(Direct Repeat,DR)的同源性及二级结构。结果表明,除S4只含有一个CRISPR结构外,其余7株嗜热链球菌均检测出3条CRISPR序列,远高于CRISPR database公布细菌中具有该结构的比例(46.4%),且分别具特异性的重复序列(DR1-DR3);CRISPR最长达2853 bp,最短仅101 bp。对DR的二级结构预测发现,DR1-DR3均能形成回文结构,但茎环大小会有差异;在同源性比对中发现,除多数同属或同种外,供试DR还与个别远缘菌种具有高同源性,这种现象证明了供试菌株的CRISPR序列同样存在的水平基因转移,并可能存在其他的进化进程。

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