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嗜热链球菌谷氨酸脱羧酶基因及其侧翼区序列分析
来源:食品科学网 阅读量: 94 发表时间: 2017-06-07
作者: 林谦,杨胜远,陆兆新,吕凤霞,别小妹,邹晓葵
关键词: 序列分析|嗜热链球菌|谷氨酸脱羧酶|γ-氨基丁酸
摘要:

从嗜热链球菌Streptococcus thermophilus Y-2的谷氨酸脱羧酶基因(gadB)及其两侧旁邻序列出发,在GenBank中分别用Blastn、Blastx 搜索同源序列。gadB 在核酸水平上无法找到同源序列,在蛋白质水平上与多种细菌的谷氨酸脱羧酶同源。根据谷氨酸脱羧酶的氨基酸序列构建系统发育树,菌株Y-2 与具核梭杆菌Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953 的亲缘关系最近。gadB 的上游侧翼区与嗜热链球菌LMG 18311 的插入序列IS1216转座酶基因具有很高的相似性。gadB 的下游侧翼区在核酸水平上未找到同源序列,在蛋白质水平上与谷氨酸/γ- 氨基丁酸转运蛋白有很高的相似性。菌株Y-2 的gadB、gadC 排列方式与大肠杆菌、弗氏志贺菌的相同,而与乳酸乳球菌、短小乳杆菌的相反。在已完成全基因组测序的3 个模式株Streptococcus thermophilus LMG 18311、CNRZ1066、LMD-9 中均含有插入序列 IS1216,但未发现谷氨酸脱羧酶基因gadB、谷氨酸/γ- 氨基丁酸转运蛋白基因gadC。

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