下一代测序(next generation sequencing,NGS)技术是在一代测序技术基础上于21世纪初发展起来的一种高通量测序方法。NGS具备高通量、高准确度和丰富的遗传数据信息量,因此逐步应用于乳制品工业领域,在确保乳品质量与安全方面发挥重要作用。本文一方面介绍利用全基因组测序技术进行污染微生物鉴定、致病菌溯源以及菌株多态性、病原菌耐药性与毒力因子携带状况分析等;另一方面重点介绍基于宏基因组测序技术开展乳制品加工环境微生物多样性调查、工厂环境微生物监控、货架期评估、原料微生物风险监控及食品真实性评估等菌群多样性相关应用研究。最后,本文针对NGS技术在乳制品领域实际应用过程中面临的挑战和应用前景进行全面分析与讨论。
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