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Streptococcus thermophilus IMAU20551胞外多糖基因簇及其表达分析
来源:食品科学网 阅读量: 102 发表时间: 2023-01-03
作者: 乔少婷,代安娜尔,解敏,孙思霖,聂佳莹,丹彤
关键词: 胞外多糖;嗜热链球菌;eps基因簇;基因组信息;实时聚合酶链式反应
摘要:

以1 株产胞外多糖(exopolysaccharide,EPS)的嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)IMAU20551为研究对象,提取其DNA后采用Illumina HiSeq技术对DNA进行二代基因组重测序,并利用SOAPdenovo软件对其进行组装,通过与RAST、直系同源集、基因本体论、京都基因与基因组百科全书等数据库进行比对,注释基因组中功能基因。发现S. thermophilus IMAU20551基因组全长1 725 107 bp,共注释出1 884 个功能基因,其中包含一个长度为19 376 bp的完整eps基因簇,该基因簇中与EPS合成相关的基因共有18 个,主要包括epsA、epsB、epsC、epsD、epsE、eps1F、eps2F、epsJ、wzx、epsP和epsX等,这些基因分别对EPS的合成、组装以及转运输出进行调控。另一方面,利用实时聚合酶链式反应对S. thermophilus IMAU20551 eps基因簇表达进行验证,发现所有基因均可表达,且除个别糖基转移酶基因外,其他被测基因均在6 h达到最大表达量。本研究介绍了S. thermophilus IMAU20551的基因组特征、eps基因簇及其表达能力,为今后深入研究S. thermophilus EPS基因簇及其表征结构的互作关系奠定基础。

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