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—— 中国食品杂志社
为探究不同pH值对木瓜蛋白酶活性的影响及分子机制，采用分子模拟和荧光光谱分析等技术，对不同pH值条件下（4、5、6、7、8）木瓜蛋白酶的酶活性、均方根误差（root mean square deviation，RMSD）、蛋白质残基的波动、回旋半径、蛋白间氢键、蛋白质二级结构和溶剂可及表面积等进行分析。结果表明：pH 7时木瓜蛋白酶活性最高，pH 4和pH 8时比pH 7时活性分别降低约5.00%和5.35%；分子模拟结果显示，不同pH值下木瓜蛋白酶的回旋半径波动不大，pH 8时RMSD有较大波动；pH 4和pH 8时蛋白酶活性中心的3 个氨基酸残基有较大波动；随着pH值的增加，木瓜蛋白酶间氢键数量逐渐增加，但pH 8的氢键数量较pH 7下降3.4 个；pH 7条件下木瓜蛋白酶活性中心与底物结合紧密，酶蛋白内部结构更致密，而pH 4条件下酶活性中心与底物结合部位缝隙较大，酶蛋白内部结构疏松；pH 4和8时活性下降与该条件下木瓜蛋白酶的结构变化有关，如氢键的破坏、活性中心残基的波动、疏水表面积的改变、β-折叠等二级结构的变化等。本研究从分子模拟角度明确了pH值对木瓜蛋白酶活性的影响。
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